依据有疼痛周期、出血、便秘的病史，检查时肛门极为敏感，肛门口紧缩及肛管内有裂口溃疡形成等典型表现，即可做出诊断。

引起肛管溃疡的疾病有几种，临床上应与肛裂作鉴别。

1.肛管结核性溃疡

溃疡的形状不规则，边缘不整齐，有潜行，底部呈暗灰色并可见干酪样坏死组织，有脓性分泌物，疼痛不明显，无裂痔形成，溃疡可发生在肛管任何部位，多有结核病史，分泌物培养可发现结核杆菌，活组织病理检查可以明确诊断。

2.肛裂与肛周皲裂鉴别

后者为肛周皮肤病的继发症，伴皮肤增厚浸渍，裂口表浅，为多发性、放射状，位于肛缘。症状以瘙痒为主，疼痛轻，出血不明显。

肛周皲裂可发生在肛管任何部位，其裂口表浅，仅局限于皮下，常可见几处裂口同时存在，无溃疡、裂痔和肛乳头肥大等并发症。多由肛门痰痒症、肛门湿疹、皮炎等引起。

3.肛管皮肤癌

溃疡形状不规则，边缘隆起、坚硬，溃疡底部凹凸不平，表面覆盖坏死组织，有特殊臭味，如癌瘤侵及括约肌，则可见到肛门松弛或失禁现象，患者有持续性疼痛，活组织病理检查可以明确诊断。

4.克罗恩病肛管溃疡

克罗恩病肛管皮肤可发生溃疡，位置位于肛门任何部位。其特点是溃疡形状不规则，底深、边缘潜行，常与肛屡并存。同时伴有贫血、腹痛、腹泻、间歇性低热和体重减轻等克罗恩病的一系列特征。

5.肛管上皮缺损 曾有内痔或其他肛门手术史，肛门无疼痛，或有感觉性失禁现象。肛管有全周或部分环状瘫痕，直肠黏膜外露，常充血肿胀、糜烂。